Sau trận cầu căng thẳng giữa Sài Gòn FC và Thanh Hóa, Ban kỷ luật kết luận Sunday nhận thẻ đỏ là đúng lỗi, Bật Hiếu bị phạt 10 triệu đồng, treo giò hai trận trong khi CLB Sài Gòn FC phải thi đấu một trận không có khán giả, bị phạt 50 triệu đồng.

Ba ngày sau trận đấu kể trên, Ban kỷ luật VFF đã nhận đủ hồ sơ sự việc từ BTC Cup Quốc gia 2012. Băng ghi hình, báo cáo của giám sát trận đấu, của trọng tài, bản tường trình của Thanh Hoa và Sài Gòn FC là cơ sở để Ban kỷ luật "nghi án".
 

Trận cầu bạo lực ở sân Thống Nhất và sự việc một nhóm CĐV quá khích của chủ nhà ném vỡ kính xe chở đội Thanh Hoá được Ban này đánh giá: phút 85, trọng tài Nguyễn Đức Vũ thổi phạt trung vệ Anh Tuấn của Thanh Hoá vì lỗi thúc cùi chỏ vào mặt tiền đạo Antonio của Sài Gòn FC.

Cho rằng người đồng đội bị phạt oan, tiền đạo Sunday lao về phía trọng tài Vũ và đẩy Anh Tuấn vào người ông này. Sunday sau đó còn đánh nguội Huỳnh Kesley - hành động bị xem là dẫn tới sự quá khích của các CĐV chủ nhà. Sunday sau đó nhận thẻ đỏ rời sân. Trong tình huống này, trung vệ Bật Hiếu của Thanh Hoá, dù không còn thi đấu trên sân nhưng cũng nhảy vào thảm cỏ, phản ứng gay gắt trọng tài, có ý hành hung đối phương. Sunday và Bật Hiếu, lúc rời sân còn nhiều lần thách thức, lăng mạ các CĐV chủ nhà.

Dựa trên đánh giá này, Ban kỷ luật quyết định phạt CLB Sài Gòn FC số tiền 50 triệu đồng và phải thi đấu một trận kế tiếp trên sân không có khán giả do không đảm bảo an ninh ở Tứ kết Cup Quốc gia. Trận đấu kế tiếp của Sài Gòn FC ở Cup Quốc gia (bán kết với Sông Lam Nghệ An) lại diễn ra trên sân khách. Vì thế, án phạt giành cho Sài Gòn FC được chuyển sang Super League 2012. Theo đó, ngay ở vòng bốn, Sài Gòn FC sẽ phải tiếp Hải Phòng trên sân Thống Nhất mà không có khán giả.

Phía Thanh Hoá cũng chịu thiệt thòi lớn vì vụ ẩu đả trên sân Thống Nhất hôm 29/1. Theo đó, trung vệ đội trưởng Lê Bật Hiếu bị phạt 10 triệu đồng và treo giò hai trận. Tuy nhiên, án phạt giành cho Bật Hiếu vẫn ở Cup Quốc gia. Thanh Hoá đã bị loại khỏi sân chơi này nên án treo giò của Bật Hiếu sẽ được áp dụng vào năm sau.

Sunday và Kesley Huỳnh đều không bị phạt thêm. Trong đó Ban kỷ luật không tìm được bằng chứng Kesley nhổ nước bọt và lăng mạ Sunday.

Cũng ở Tứ kết Cup Quốc gia, trên sân Vinh, Sông Lam Nghệ An và Ninh Bình có trận đấu bị cho là bạo lực bởi trọng tài Hoàng Anh Tuấn đã phải rút tới 3 thẻ đỏ, 6 thẻ vàng. Tuy nhiên, theo đánh giá của Ban kỷ luật, trọng tài Tuấn đã xứ lý tốt tình huống. Các thẻ phạt đều chính xác, đúng với tính chất của các pha bóng vì thế không phải xem xét thêm.

Đưa ra các án phạt cho màn bạo lực giữa Thanh Hoá và Sài Gòn FC ở Tứ kết Cup Quốc gia nhưng các thành viên Ban kỷ luật vẫn chưa thực sự thống nhất. Vì thế, đến chiều ngày 2/2, nếu không có gì thay đổi vào phút chót, các án phạt như trên sẽ được Ban kỷ luật chính thức ký quyết định.