Những năm gần đây, cùng với hệ thống BHXH bảo đảm an sinh xã hội, chất lượng y tế trường học đã được nâng lên, góp phần chăm sóc, bảo vệ sức khỏe ban đầu cho HSSV ngay tại trường học. Theo quy định trước đây, nguồn kinh phí trích lại là 20%, trong đó 12% dùng để làm quỹ khám chữa bệnh (KCB), 8% còn lại dùng làm nguồn kinh phí chi trả lương cho cán bộ làm công tác y tế học đường ở một số trường có số lượng học sinh tham gia BHYT lớn.

Theo thống kê của BHXH Việt Nam, khi thực hiện theo quy định cũ, số lượt người KCB và số tiền chi trả cho các hoạt động KCB luôn ở mức cao. Cụ thể năm 2006 có trên 7,4 triệu lượt người với tổng chi phí 399 tỷ đồng; năm 2008 trên 7,8 triệu lượt với chi phí 519 tỷ đồng và đến năm 2009 lên đến trên 8,5 triệu lượt với số chi trên 681 tỷ đồng. Theo số liệu báo cáo chưa đầy đủ của các tỉnh thì 6 tháng đầu năm 2010, đã có trên 3,7 triệu lượt HSSV đi KCB BHYT với chi phí trên 500 tỷ đồng. Trong đó có rất nhiều HSSV mắc bệnh nặng, bệnh hiểm nghèo như ưng thư, bệnh về máu có chi phí KCB lên đến hàng trăm triệu đồng, đã được Quỹ BHYT chi trả. Như vậy, rõ ràng việc tham gia BHYT đã đem lại nhiều lợi ích cho HSSV.

Cũng theo BHXH Việt Nam, thời điểm để thực hiện bắt buộc 100% số HSSV tham gia BHYT là ngày 1-1-2010 với mức đóng bằng 3% lương tối thiểu, nghĩa là tăng từ 110.000 đồng/năm lên trên 260.000 đồng/năm. Với mức đóng này, đã có 37 tỉnh, thành phố dùng nguồn ngân sách địa phương hỗ trợ 30% mức đóng BHYT cho HSSV, nhưng phụ huynh vẫn phải bỏ ra 180.000 đồng để mua thẻ. Như vậy, với mức đóng cao và việc cắt bỏ phần trích lại cho các đại lý, số HSSV tham gia BHYT bị sụt giảm rõ rệt. Theo tổng hợp báo cáo từ các tỉnh, thành phố, năm 2009, có 10/15 triệu HSSV tham gia BHYT, chiếm 66% tổng số HSSV trên toàn quốc thì đến hết tháng 6-2010, số HSSV tham gia còn 2,7 triệu người, tức là chưa đủ 20%.

Cũng theo BHXH Việt Nam, việc sụt giảm tỷ lệ tham gia BHYT HSSV có nhiều nguyên nhân, trong đó có việc bị cắt 4% phí duy trì đại lý phát triển thẻ. Bởi theo luật, HSSV trở thành đối tượng tham gia bắt buộc nên không cần phí vận động phát triển thẻ. Trong khi đó, nếu mạng lưới chân rết càng dày, có kinh phí cho đại lý thu thì mới vận động được nhiều HSSV tham gia BHYT. Ngoài ra, BHXH Việt Nam cũng cho rằng, Luật BHYT quy định HSSV là đối tượng bắt buộc, nhưng cũng không có chế tài bắt buộc tham gia thế nào? Ví dụ, nếu trường học có các lớp học không tham gia đầy đủ BHYT thì trách nhiệm thuộc về ai? Nếu các trường không mặn mà trong việc đốc thúc thực hiện BHYT HSSV, chắc chắn sẽ kéo theo không ít vấn đề.