Hai tiêu chí được lấy làm căn cứ để xác định CTTS là tỷ lệ sinh viên/giảng viên (tính theo hệ số quy đổi) và diện tích sàn xây dựng phục vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học tính cho mỗi sinh viên. Cụ thể, tỷ lệ sinh viên/giảng viên được chia theo bốn nhóm ngành: kinh tế, tài chính, ngân hàng, văn hóa, du lịch, báo chí, thư viện, khoa học xã hội nhân văn, pháp lý, hành chính, sư phạm tỷ lệ không quá 25 sinh viên/1 giảng viên; kỹ thuật, công nghệ, nông, lâm, ngư, thủy lợi, khoa học tự nhiên, giao thông, xây dựng, mỏ địa chất, cao nhất phải có 1 giảng viên cho 20 sinh viên; nghệ thuật, thể dục thể thao, tối đa là 15/1 giảng viên. Ngành y dược có yêu cầu khắt khe nhất, ở bậc ĐH là không quá 10 còn ở bậc CĐ tối đa là 15 sinh viên/1 giảng viên. Diện tích sàn xây dựng phục vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học dành cho mỗi sinh viên tối thiểu là 2m2. Các CSĐT có tỷ lệ sinh viên/giảng viên thấp hơn các con số trên sẽ được tăng chỉ tiêu không quá 5% của năm 2009. CSĐT có tỷ lệ bằng "chuẩn" thì được giữ ổn định, còn cao hơn "chuẩn" thì buộc phải giảm chỉ tiêu, đồng thời được "nợ" đến năm 2012 để có thời gian đạt chuẩn. Ngoài ra, những CSĐT tuyển sinh năm đầu tiên hoặc năm thứ hai thì chỉ tiêu tuyển sinh hệ chính quy năm 2010 được xác định tối đa cho 100 sinh viên/1 ngành, đồng thời giữ quy mô sau 3 năm không vượt quá 3.000 sinh viên. Những CSĐT các ngành đặc biệt, ngành xã hội có nhu cầu, ngành thuộc các lĩnh vực ưu tiên, thì CTTS chính quy năm 2010 tăng tối đa không quá 10% so với chỉ tiêu năm 2009 và phải có văn bản thuyết minh, sẽ được xem xét cụ thể đối với từng cơ sở.

Các CSĐT có kết quả tuyển sinh chính quy năm 2009 vượt quá 10% số chỉ tiêu đã được Bộ xác định sẽ bị trừ chỉ tiêu tuyển sinh của năm 2010. Số chỉ tiêu trừ đúng bằng số chỉ tiêu tuyển vượt (đối với cơ sở đào tạo có chỉ tiêu tuyển sinh năm 2009 lớn hơn 1.000 chỉ tiêu) hoặc bằng 70% số chỉ tiêu tuyển vượt (đối với cơ sở đào tạo có chỉ tiêu tuyển sinh năm 2009 thấp hơn hoặc bằng 1.000 chỉ tiêu). Các cơ sở đào tạo có kết quả tuyển sinh năm 2009 đạt thấp hơn 50% số chỉ tiêu được Bộ xác định ban đầu, căn cứ tình hình cụ thể của từng CSĐT, Bộ sẽ xác định chỉ tiêu tuyển sinh năm 2010 phù hợp với thực tế của từng cơ sở.

Những CSĐT khai man số liệu để tính chỉ tiêu, báo cáo 3 công khai không trung thực, thì hiệu trưởng phải chịu trách nhiệm trước Bộ GD-ĐT và trường sẽ bị trừ hoặc tạm dừng không giao CTTS hệ chính quy năm 2011.